Funkcionalni izomeri so spojine, ki imajo:
enako molekulsko formulo,
a različne funkcionalne strukture v svojih zgradbi.
Izomere so pomembne zato, ker se po fizikalnih kot kemijskih lastnosti razlikujejo, kot na primer:
vrelišče,
tališče,
gostota,
idr.
Najbolj tipični primeri funkcionalne izomerije so naslednje kombinacije:
alkeni in cikloalkani
alkini in alkadieni oziroma cikloalkeni
in še vrsto drugih kombinacij.
Poglejmo si jih podrobneje.
Razlika med alkeni in cikloalkani je velika:
alkeni spadajo med nenasičene ogljikovodike,
medtem ko cikloalkani med ciklične in nasičene ogljikovodike.
Kemizem obeh spojin se zelo razlikuje:
na alkenih potekajo predvsem elektrofilne adicije,
medtem ko na cikloalkanih običajno potekajo radikalske substitucije.
Razlika med alkoholi in etri je:
alkoholi tvorijo vodikovo vez in zato imajo vrelišča višja kot njihovi funkcionalni izomeri,
medtem ko so etri izredno hlapne spojine in imajo nizka vrelišča.
Karboksilne kisline kot že samo ime pove spadajo med kisline, medtem ko so estri hlapne spojine, ki so glavna sestavina vonjav.
Obe spojini imata enako funkcionalno skupino - karbonilno skupino (). A njun kemizem se precej razlikuje.
Tudi v tem primeru imajo vse spojine enako molekulsko formulo, a so prvi aciklični ogljikovodiki, drugi pa ciklični ogljikovodiki (več o razvrstitvi tudi v Razvrstitev organskih spojin). Med seboj se kemijsko precej razlikujejo .